丧失斗志和指挥失误
过早在南京建都,太平军必然以保卫天京的安全为目的来部署一切兵力,革命的进攻阶段就会停顿下来,锐气就会减退。因此,在南京建都实在是犯了兵家之大忌。而这却是出自洪秀全、杨秀清的意愿。太平军离开广西之后,便有“取金陵为本”之议。杨秀清认为只要占领了南京,即使成不了事,也可占领黄河以南。洪秀全则多次称南京为“小天堂”,把“小天堂”作为奋斗的目标。在建都问题上,洪、杨都有偏安和及早享受的思想。
农民阶级的局限性
农民阶级有先天局限。太平天国起义带有旧式农民战争的烙印。农民阶级的分散性、守旧性,以及眼光短浅等毛病,在太平军中都有突出表现。天京事变后,由于原先的天兄代言人萧朝贵在长沙牺牲,天父代言人杨秀清又在事变中被韦昌辉所杀。所谓天父、天兄人格化本来就是个骗局,杨秀清被杀更是骗局的暴露,太平天国出现了空前的信仰危机。
腐败严重
腐败从根本上动摇了太平天国政权的根基。太平天国的腐败是和建都天京同时产生的。尽管洪秀全曾经提出要建立一个没有以强凌弱、尔虞我诈的公平世界,鼓吹凡天下男人皆兄弟、天下女子皆姊妹的平等思想,但他这些从西方基督教教义中捡来的货色,在洪秀全思想中没有深化,也没有消化。洪秀全很难把这些平等思想付诸实践,只能按照封建王朝的等级制度,即《太平礼制》所规定的等级来规定自己所应该享受的待遇和特权。
1864年6月,洪秀全病逝,幼天王洪天贵福继位。1864年7月19日,湘军轰塌天京太平门附近城墙10余丈,蜂拥入城,其他方向的湘军也缘梯而入,城内太平军或战死,或自焚,无一降者。
天京的陷落,标志着太平天国农民战争的失败。但分散在长江南北各个战场上的数十万太平军,仍英勇顽强地抗击清军的进攻。