最初义和团同当时清朝大部分秘密团体一样,反对满族统治,以“反清复明”为口号,遭到镇压。随着中国近代形势的发展,以帝国主义侵略为先导的西方势力的冲突代替华夷之辩、满汉之争成为主要历史矛盾,义和团开始支持清朝抵抗西方,改名为“虎神营”,口号也改为“扶清灭洋”(1898年由赵三多首次提出)。
西方列强划分在华势力范围、华北频繁发生教案、天灾频发及宫廷权力争斗激化的情况下,1900年春季直隶,成千上万习练义和拳并号称“义和团”的农民纵火烧毁了教堂和教徒房屋,同年6月,慈禧太后允许义和团进驻北京,义和团又先于清军进攻天津租界。
1901年,清政府被迫同八国及比利时、荷兰、西班牙等11国签订了丧权辱国的《辛丑条约》。
义和团运动的高潮虽说为期不过三个月,并且最终还在清政府的叛卖下,在中外反动势力的镇压下陷于失败,但是,它的丰功伟绩却是昭昭在人耳目的。它的功绩,概括起来说是:阻止了帝国主义列强瓜分中国,保存了中国几千年来的悠久文化,阻止了一场帝国主义战争的可能爆发,促进了中国广大人民群众的觉醒并成为“五十年后中国人民伟大胜利的奠基石之一”。这些功绩,主要是在中国方面;不过其中有些也涉及到了世界方面,具有了世界历史意义。
义和团运动的结果之一是朝廷体制内的守旧顽固派被清除,因而在1901年清政府延续戊戌变法的思潮,启动了一场政治体制改革——新政,以求避免清朝灭亡。
在中国仕绅阶级看来,清政府在事件中对联军势力无能为力,统治威信大幅下降。东南各省总督在事件中擅自违令行动,事后反而得到褒奖。各地督抚开始出现不受中央控制的政治意向,统一集权的态势开始解体。十年后,南方革命党反政府的活动激进化,团结各省新军于1911年武昌爆发辛亥革命,南方各省直接违抗清政府自行宣布独立或观望。最终袁世凯进逼清帝退位,中华民国得以肇建。而地方政治实力上升所造成的割据局面,导致民国军阀混战的政局。
义和团运动的领导阶级是农民阶级,基本群众是农民和小手工业者,提不出切合实际的革命纲领。最初,他们是以“反清复明”为宗旨,屡遭清政府的镇压。在严重的民族危机面前,义和团把斗争的矛头直指帝国主义,提出了“扶清灭洋”的口号。由于农民阶级的局限性,没有先进阶级的领导,以慈禧太后为首的清政府,为了躲开义和团运动打击锋芒,被迫采取假宣战,真投降的欺骗手法,对外投降帝国主义,对内镇压义和团运动,使义和团处于内外夹攻的境地。在国内外敌人的夹击下遭到了失败。