细菌没有核膜包围形成的细胞核,属于原核生物;真菌有核膜包围形成的细胞核,属于真核生物。
细菌全部是由单个细胞构成,为单细胞型生物;真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物(如酵母菌),也有由多个细胞构成的多细胞型生物(如食用菌、霉菌等)。
病毒是最微小的、结构最简单的一类非细胞型微生物。
细菌和真菌都具有细胞结构,属于细胞型生物,在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质,但却存在诸多不同,细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖,而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
细胞质中的细胞器组成不同:细菌只有核糖体一种细胞器;而真菌除具有核糖体外,还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
细菌没有成形的细胞核,只有拟核;真菌具有。四是细菌没有染色体,其DNA分子单独存在;真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体(染色质)。病毒构造很简单,外面是一层蛋白质,称为病毒外壳。
尽管在细菌和真菌的名称中都有一个菌字,但细菌的名称中一般含有:球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼,只有乳酸菌例外(实为乳酸杆菌);而真菌名称中则不含有。
真菌分为有益真菌和有害真菌。绝大多数对人有益,如酿造工业和生产抗生素、维生素、酶制剂等。但少数真菌对人有致病性。如皮肤廯菌、白色念珠菌等。
病毒大多数为有害的,可以感染植物、动物(包括原生生物)、真菌、细菌和蓝绿藻,人类病毒性感染疾病包括流感、艾滋病、肝炎、麻疹、疱疹、带状疱疹、水痘、小儿麻痹症、天花、埃博拉。
细菌既可能有害也可能有益,取决于细菌种类,有益的如肠道细菌和益生菌,有害细菌感染包括霍乱,肺结核,莱姆病,沙门氏菌,葡萄球菌感染,链球菌性喉炎,麻风,破伤风。