天京变乱后,太平天国内人心开始涣散,军事形势逆转,清军陆续在各战场得胜,太平天国的控制区大为缩小,即使后来太平军攻下江浙一带,形势上一直处于下风。
北王韦昌辉死后,翼王石达开执政,天王洪秀全开始重用其兄弟以牵制石达开,激石达开在1857年带领大军出走,更令太平天国雪上加霜。
太平天国初期由军师主政的政制,在天京变乱及翼王出走后已名存实亡。后期的太平天国,天王虽然掌握了实权,然而当时的政府架构颇为混乱,加速了太平天国的灭亡。
在天京变乱中,东王杨秀清、北王韦昌辉先后被杀,翼王石达开出走败亡。天京变乱严重地削弱了太平天国的领导和军事力量,成为太平天国由盛转衰的分水岭。
天京变乱并未损伤太平天国的实力,主要表现在军事力量上。但是,精神和思想层面的损失才是最严重的,天京变乱的恶果不是军事兵力的锐减和战斗力的下降,也不是土地的丧失,而是神话宗教体系的崩溃。