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细菌和真菌的名称中均有一个“菌”字，同属微生物，但两者在生物类型、结构、大小、增殖方式都有着不同，具体内容请见下文。
细菌和真菌
细菌：是指生物的主要类群之一，属于细菌域。细菌的形状相当多样，主要有球状、杆状，以及螺旋状。
真菌：是一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。包含霉菌、酵母、块菌以及其他人类所熟知的菌菇类。目前已经发现了十二万多种真菌。
细菌和真菌的相同点
细胞结构上，都有细胞壁、细胞膜、细胞质和DNA；
营养方式上，绝大多数细菌和全部真菌的营养方式都是异养的。
细菌和真菌的区别
生物类型不同：一是就有无成形的细胞核来看：细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物；真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物；二是就组成生物的细胞数目来看：细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物；真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）。
细胞结构不同：细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：
一是细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
二是细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
三是细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。
四是细菌没有染色体，其DNA分子单独存在；真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体
细胞大小不同：原核细胞一般较小，直径一般为1μm-10μm；真核细胞较大，直径一般为10μm-100μm。
增殖方式不同：细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂；真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式。