广西医科大学前身是广西省立医学院。1940年校址迁至桂林。1949年以前,学校在战乱中七次迁徙校址,三次变更校名。1949年11月更名为广西省医学院。1952年由中央卫生部委托中南卫生部直接领导。1953年4月中央卫生部批准改称为广西医学院。1954年7月由桂林迁回南宁市现址至今。1996年5月教育部批准更名为广西医科大学。
学校是全国建校较早的22所医学院校之一,是全国最早定点招收外国留学生、港澳台学生和华侨学生的8所医学院校之一,是教育部批准的有招收本科临床医学专业(英语授课)留学生资格的首批30所高校之一,是广西政府重点建设的大学之一,是广西医学教育、医学研究、临床医疗和预防保健的中心。