永嘉南渡后,司马睿在南北世家大族支持下建立政权。曾多次北伐,但由于内部不和,除刘裕外,皆以失败告终。祖逖有望恢复旧土,被司马睿挟制。桓温北伐则先后被前秦东海王苻雄、前燕吴王慕容垂击败。
383年,前秦宣昭帝苻坚南侵,东晋宰相谢安力主抗击,派谢石、谢玄在淝水之战大获全胜,南北分立从此而成。后有桓玄叛乱,自立为帝,最终为刘裕所平,拥恭帝,大权旁落。420年,刘裕废晋恭帝,建立刘宋,再加上北方的北魏统一,中国进入南北朝。
东晋建立于公元317年,亡于公元420年,国祚103年,传4世11帝。东晋时士、庶之分更加严格。士族都建家谱,以防庶族假冒。这一时期“谱牒学”特别发达。家谱成为选拔官吏的根据。士、庶地位悬殊,车服异制,不同行,乃至不同桌进餐。庶族普遍受到士族的鄙视和排挤。
东晋虽然是司马氏政权的延续,但由于南迁后的司马氏在政治上威望不高,所以朝廷基本由世族大家所把持。加上世族对寒族歧视、造成上品无寒门,下品无世族的畸形政治生态。
晋安帝时,东晋朝堂上掌权的依次是宗室司马道子及其子司马元显。这父子二人,一个酗酒,一个贪财,不过他们都有一个共同点,就是都宠幸奸佞小人,以致朝政昏聩,四方变乱,最终死于桓玄之手。