变性后的DNA常发生一些理化及生物学性质的改变:①溶液黏度降低。DNA双螺旋是紧密的刚性结构,变性后则是柔软而松散的无规则单股线性结构,DNA黏度因此而明显下降。②溶液旋光性发生改变。变性后整个DNA分子的对称性及分子局部的构象改变,使DNA溶液的旋光性发生变化。③增色效应。
DNA变性用于检测两个不同的DNA序列之间之序列差异。将DNA加热和变性成单链状态,并将该混合物冷却使可以重新进行杂交。杂交分子的相似序列中如果互补序列有差异,则会导致碱基配对中断。在基因组范围中,该方法已被用于估算两物种之间遗传距离的研究,称为DNA-DNA杂交。在其中的单个分区的DNA,变性梯度凝胶和温度梯度凝胶可用于检测此两个序列,此法称为温度梯度凝胶电泳,为表现较小差异时使用的方法。