放线菌在自然界分布广泛,主要以孢子或菌丝状态存在于土壤、空气和水中,尤其是含水量低、有机物丰富、呈中性或微碱性的土壤中数量最多。放线菌只是形态上的分类,属于细菌界放线菌门。土壤特有的泥腥味,主要是放线菌的代谢产物所致。
随着人类认识放线菌的能力和手段不断提高,越来越多的放线菌种类被发现和描述。迄今有效描述的菌种约达2000个,其中链霉菌属的种500多个,占了很大比例。因此链霉菌也被成为常见放线菌,常规检出率占放线菌95%,而其他种类放线菌的常规检出率仅占5%左右,被成为稀有放线菌。据统计,分离到的自然界中的放线菌种类仅为实际种类的0.1-0.5%。