元初,忽百必烈在中央设置总制院,作为管理全国佛教事务和吐蕃军政事务的机构。1288年,“因唐制吐蕃来朝见于宣政殿之故,更名宣政院”。以帝师总领,长官为度院使。宣政院的职责仍是掌佛教僧徒及吐蕃事务,但它的地位却提高到同枢密院、御史台并列,都是秩从一品的高级官署。宣政院所辖吐蕃之地,分置吐蕃等处宣慰司、吐蕃等路宣慰使司和乌思藏、纳里速古鲁孙三路宣慰司,其官员“军民通摄,僧俗并用”,主要官员由帝师和宣政院荐举,朝廷任命。宣政院的设置,加强了中央政府对西藏地区的管辖,使西藏成为我国中央政府直属的一个地方行政区域。