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设置了宣政院。宣政院初名总制院，是元朝统治中国时期设立的一个直属中央政府管辖的国家机构，负责掌管全国佛教事宜并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务。从此，西藏地区正式成为中国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。
宣政院是元朝掌管全国佛教事宜和藏族地区军政事务的中央机关。由帝师兼领。忽必烈始置总制院，后改为宣政院。忽必烈在汉地立国建都后，仍然十分注意保持和发展蒙古民族的语言和文化。中统元年（公元1260年）十二月，忽必烈封吐蕃萨迦的八思巴为“国师”，命八思巴率领一些吐蕃语言文学者重新创制蒙古文字。 到元六年（公元1269年）二月，新字制成，由忽必烈正式颁行，并加八思巴为“帝师”、“大宝法王”，统领全国佛教。朝廷立总制院，管领佛教僧徒及吐蕃境内事务，仍以“帝师”八思巴统领之。
《元史·百官志三》载：“至元二十五年（公元1288年），因唐制吐蕃来朝见於宣政殿之故，更名宣政院。置院使二员，同知二员，副使二员，经历二员，都事四员，管勾一员，照磨一员”。 院使由朝廷命官任领。吐蕃有事，另设分院往治。 宣政院的官员，僧俗并用，是元朝设立的一个特殊机构。它既是管理全国佛教的事务机关，又是直接统领吐蕃的政务和军事。元明宗天历二年（公元1329年），罢功德使司归宣政院。设置院使10员，从一品，同知2员，正二品，副使2员，从二品。