并行厂卫
永乐年间,朱棣恢复了洪武时废罢的锦衣卫,设立东厂,合称厂卫机构,天下臣民都处在严密的监视之下,他利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事,设置镇守内臣和东厂,宦官集团不仅被引入参政,政治势力也在国家的政治生活中不断发展壮大,特别是将宦官集团的管理部门独立出来,不再由吏部负责,而是由宦官集团的内部机构——司礼监管理,强化了皇权和专制统治。
巡抚制度
朱棣重视监察机构的作用,完善地方监察制度,为明代分遣朝臣巡行天下的巡抚制度奠定基础。洪武二十四年(1391年)“巡抚之名,起于懿文太子巡抚陕西”,但是此时的巡抚之名并不属于正式官职,仅仅作为一种临时派遣的职务。为了加强对地方三司的监督,永乐十九年(1421年)“遣尚书蹇义等二十六人巡行天下,安抚军民。”朱棣派遣尚书蹇义等分巡各省,是巡抚制度萌芽的标志。宣德五年(1430年),巡抚制度由临时差遣的形式变成中央派往各省进行地方监察的常驻机构,并开始修建衙门。
设立内阁
朱元璋时,由于废除了丞相制度,皇帝直接领导六部,事无巨细都要皇帝亲自处理。朱棣时期,完善了文官制度,在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形,但内阁品级不高,一般要经过翰林院庶吉士锻炼。永乐朝内阁文臣虽只是正五品,从职权上看也仅备顾问,但国家大政方针的制定和决策,都要咨询他们的意见,内阁的出现弥补了自中书省废除后,中央机构在结构上的脱节,终明一世没有被废除。正统至正德年间,内阁中枢决策的权位愈发巩固,权力也开始超过六部,内阁首辅开始出现,其地位与作用也日益显著。