樊瑞与梁山第64位好汉项充、第65位好汉李衮同在芒砀山起事。幼年在全真门下学艺,左手使锤,右手使剑,又兼一身法术,伏怪除妖,神出鬼没,斩将夺旗,人不敢近,被公孙胜收服。上梁山后,多次随宋江出征,后期意志消沉,遁入空门。
樊瑞生性淡泊名利,厌恶朝中奸臣搬弄是非,阴柔有余、阳刚不足。正因为他的性格让他选择过着闲云野鹤的生活,没有任何功名利禄,但他无疑是梁山好汉中最幸福的人物之一。他虽为国立下大功,却不重名利,功成身退,回蓟州随公孙胜潜心修道。
梁山受招安后,樊瑞随宋江南征北战,颇有战功。
征讨辽国时,樊瑞曾随宋江到霸州诈降。后与李逵、鲍旭、项充、李衮一同率领五百牌手,将二十四部雷车推入辽军中军,协助宋军攻破太乙混天象阵。
征讨田虎时,樊瑞随孙立、朱仝镇守壶关。后被征调到昭德城,与北军国师乔道清斗法,虽然武艺、法术都不敌乔道清,但却为公孙胜来援争取了时间,而后又随公孙胜兵围百谷岭,降服乔道清。简本水浒中,樊瑞出征前曾被封为副法真人。
征讨王庆时,樊瑞与鲁智深、武松、李逵等十四人率领五千勇捷步兵,从山后小路杀上纪山,夺取纪山山寨,而后与大军前后夹击,使得宋江大破纪山军。
征讨方腊时,樊瑞与朱仝、索超等人率领一千军马,包围扬州城外的定浦村,协助燕青剿除勾结叛军的陈观父子。后又斩杀苏州守将邬福。睦州之战中,樊瑞又与南军国师包道乙斗法。他在关胜头顶变出一尊乌龙天将,包道乙则在郑彪头顶变出一尊金甲神人。最终乌龙天将战败金甲神人,郑彪也被关胜一刀斩于马下。