一、负责皇帝下达谕旨的撰拟和参预官员上报之奏折文书的处理。官员上报的文书,凡折奏“请旨”者归军机处,照例的题本归内阁,直到清末未变。雍正帝每天召见军机大臣,有时一天召见数次,像在西北用兵紧张之时,张廷玉“内直自朝至暮”,“间有待至一二鼓”。
二、办理皇帝交议的大政,凡遇重要政事,皇帝不能裁决的,或交军机处议奏,或密议,或交军机处会同关系衙门议奏。如大学士史贻直未入军机处,然在统一新疆战争中,乾隆每每与其商议,史载“公在政府,时从容承召对,移晷乃出,而公谨慎周详,虽子弟不得与闻。”特交的,由军机处查议其可否,密拟办法上奏;会同议奏的,或由军机处主稿,或由所会衙门主稿,临时酌定。
三、某些重大案件,皇帝特交军机大臣审理拟定,或由军机大臣会同三法司审拟。军机大臣可在军机处提讯,也可使用刑讯。应刑讯时,选用内务府公所或于步军统领衙门进行。凡秋审案件,军机大臣也参预。
四、重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放,均由军机大臣负责开列应补人员名单,交皇帝选择任用。遇科考,也由军机大臣开列主考、总裁名单,奏请皇帝选用。复试或殿试,军机大臣负责核对试卷、检查笔迹或任命阅卷官。
五、考查行军之山川、道里与兵马钱粮:凡有行军,军机处根据有关图书,考查山川险要,道里远近,如系边远地区,图书中没有记载的,要考查新旧档案并加谘访。应用的兵马、钱粮,则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查。遇有皇帝查讯的问题,即时呈递。
六、军机大臣可奉皇帝旨意,以“钦差”身分,往各地检查或处理一些政事。如嘉庆十八年(1813年),钦差大臣、直隶总督那彦成镇压河南天理教起义有功,嘉庆帝大加称赞,加太子少保衔,赏三等子爵。
军机处与内阁不同,它以行政简化为宗旨,满文文书由满人军机章京,汉文由汉人军机章京来处理。因此,军机处的房屋分为满屋、汉屋,分别处理日常的实际业务。
满(汉)屋为其内部俗称,其对外行文时称满(汉)军机处,由满、汉章京分别任事。其职掌除分办满汉文之谕旨和奏折外,满屋掌在京旗营及各省驻防和西北两路军营官员的补放事务,负责内蒙古、外蒙古、藩部及喇嘛等朝贡时拟赏单,并掌管军机处本身的事务性工作。
汉屋办理在京部院及各省文职官员、绿营武职官员的补放进单,王公内外大臣赏单及拟给外国朝贡使臣赏单,办理皇帝交下的应查、应办的事务以及负责军机处的对外联系、管理档案等工作。
军机处办公的地方不称衙署,仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”,初仅板屋数间,后来才改建瓦屋。军机章京的值房,最初仅屋一间半、后来才有屋五间。军机处也无专官,军机大臣、军机章京都是以原官兼职,皇帝可以随时令其离开军机处,回本衙门。
军机大臣既无品级,也无俸禄。军机大臣之任命,并无制度上的规定可供遵循,完全出于皇帝的自由意志。军机大臣的职务也没有制度上的规定,一切都是皇帝临时交办的,所以军机大臣只是承旨办事而已。“只供传述缮撰,而不能稍有赞画于其间”,这些都说明军机处是皇帝中央集权的最好的工具。
军机处的办事效率很高。根据内阁制度,下属官员有事题奏,或皇帝颁发诏旨,都是经过层层机构,辗转交送,常常要花费很多时间。军机处则不然,一切均由大臣和章京通同办理,皇帝有谕,随时奉诏承办,而且必须当日事当日毕。在通常情况下,军机大臣每日早5点左右进宫应召觐见皇帝,有时一天召见数次,主要是承受谕旨,然后回堂拟写。起先由大臣亲自主稿,后来才改由章京起草,大臣拟定。经皇帝认可后,按照谕旨的性质分“明发上谕”和“廷寄上谕”两种形式向下传达。明发上谕指交内阁发抄,宣示天下。