1、不存定制
军机处办公的地方不称衙署,仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”,初仅板屋数间,后来才改建瓦屋。军机章京的值房,最初仅屋一间半、后来才有屋五间。军机处也无专官,军机大臣、军机章京都是以原官兼职,皇帝可以随时令其离开军机处,回本衙门。
2、运行高效
军机处的办事效率很高。根据内阁制度,下属官员有事题奏,或皇帝颁发诏旨,都是经过层层机构,辗转交送,常常要花费很多时间。军机处则不然,一切均由大臣和章京通同办理,皇帝有谕,随时奉诏承办,而且必须当日事当日毕。
3、严格保密
军机处在清代初设阶段,由于无保密制度,时有部院官以启事画稿为名,侦探消息传播街市,目为新闻。造成清廷许多军国要事的严重泄密,其后果是可想而知的。这严酷的教训,使清代军机处不得不对保密规制进行强行规定。