一切机密大政均归于军机处办理。军机处总揽军、政大权二端,真正成为执政的最高国家机关。军机大臣无日不被召见,无日不承命办事,出没于宫廷之间。皇帝行动所到的地方,军机大臣也无不随从在侧。
1、负责皇帝下达谕旨的撰拟和参预官员上报之奏折文书的处理。
2、办理皇帝交议的大政,凡遇重要政事,皇帝不能裁决的,或交军机处议奏,或密议,或交军机处会同关系衙门议奏。
3、某些重大案件,皇帝特交军机大臣审理拟定,或由军机大臣会同三法司审拟。军机大臣可在军机处提讯,也可使用刑讯。应刑讯时,选用内务府公所或于步军统领衙门进行。凡秋审案件,军机大臣也参预。
4、重要文武官员之任免及各部尚书、侍郎、各省总督、巡抚、以至道、府、学政、关差、盐政以及驻防将军、都统、驻各边疆地区之领队大臣、办事大臣等官员的补放,均由军机大臣负责开列应补人员名单,交皇帝选择任用。
5、考查行军之山川、道里与兵马钱粮:凡有行军,军机处根据有关图书,考查山川险要,道里远近,如系边远地区,图书中没有记载的,要考查新旧档案并加谘访。应用的兵马、钱粮,则由户部、兵部、理藩院等衙门取简明确数备查。遇有皇帝查讯的问题,即时呈递。
6、军机大臣可奉皇帝旨意,以“钦差”身分,往各地检查或处理一些政事。如嘉庆十八年(1813年),钦差大臣、直隶总督那彦成镇压河南天理教起义有功,嘉庆帝大加称赞,加太子少保衔,赏三等子爵。