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水华是淡水水体中发生的自然生态现象；赤潮是海水中发生的生态异常现象。水华是因为藻类大量繁殖或是水体富营养化而形成的；赤潮是在海洋中一些微藻、原生动物或细菌在一定环境条件下爆发性增值或聚集达到某一水平，引起水体变色而形成的。
水华和赤潮的根本区别
一、发生环境不同。
1、水华：指淡水水体中藻类大量繁殖的一种自然生态现象。
2、赤潮：是海洋生态系统中的一种异常现象。
二、诱发因素不同。
1、水华：是水体富营养化的一种特征，主要由于生活及工农业生产中含有大量氮、磷的废污水进入水体后，蓝藻（严格意义上应称为蓝细菌）、绿藻、硅藻等藻类成为水体中的优势种群，大量繁殖后使水体呈现蓝色或绿色的一种现象。也有部分的水华现象是由浮游动物——腰鞭毛虫引起的。
2、赤潮：赤潮是水体中某些微小的浮游植物、原生动物或细菌，在一定的环境条件下突发性地增殖和聚集，引起一定范围内一段时间中水体变色现象。
水华和赤潮的形成原因
赤潮形成的原因是海洋中的浮游生物暴发性急剧繁殖造成海水颜色异常。江河、湖泊中出现类似的现象，通常称为水华。
赤潮并不都是红色的，不同的浮游生物引起海水不同的颜色，赤潮只是各种颜色潮的总称。赤潮是一种在特殊环境条件下水体变色的有害生态现象，通常由海洋中浮游植物、原生动物和细菌的爆发性增殖或高度聚集引起。
赤潮区域可出现红、黄、绿等颜色。赤潮严重污染海洋环境，还会危及其他海洋生物的生存，需要预防和治理。人类很早就发现了赤潮现象。19世纪，达尔文的《小猎犬号航海记》记载了巴西和智利附近海域由角毛藻引起的赤潮事件。