日本境内河流流程短水能资源丰富,最长的信浓川长约367公里;最大的湖泊是琵琶湖,面积672.8平方千米。
日本海岸线全长33889公里。由于日本是一个岛国,因此其海岸线十分复杂。西部日本海一侧多悬崖峭壁,港口稀少,东部太平洋一侧多入海口,形成许多天然良港。
在东部太平洋一侧自南向北均被日本暖流(黑潮)环绕、东北部形成千岛寒流(亲潮),西部日本海一侧是对马暖流和里曼寒流。在寒流和暖流交汇处,鱼类资源丰富,成为天然渔场。
由于地处海洋的包围之中,终年温和湿润,冬无严寒,夏无酷暑。夏秋两季多台风,6月份多梅雨。1月平均气温北部-6℃,南部16℃;7月北部17℃,南部28℃。年降水量700毫米至3500毫米,最高达4000毫米以上。