有个囚犯根据法律不应当判处死刑,转运使王逵想重判他。王逵是个残酷凶悍的官僚,大家没人敢和他争,敦颐一个人和他争辩,王逵不听,敦颐就扔下笏板回了家,打算辞官而去,说:“像这样还能做官吗,用杀人的做法来取悦于上级,我不做。”王逵明白过来了,这个囚犯才免于一死。
(周敦颐)改任郴州桂阳县县令,政绩尤其显著。知州李初平很尊重他,对他说:“我想多读些书,怎么样?”敦颐说:“您年龄太大来不及了,请让我给您讲讲吧。”两年后,李初平果然有收获。周敦颐调任南昌知县,南昌人都说:“这是能弄清分宁县那件疑案的人,我们有机会申诉了。”那些富豪大族,狡黠的衙门小吏和恶少都都惶恐不安,不仅担忧被县令判为有罪,而且又以玷污清廉的政治为耻辱。担任合州通判时,事情不经他的手,下面的人不敢做决定,即使交下去办,老百姓也不愿意。部使者赵抃被一些毁谤他的话所迷惑,对他的态度很严厉,周敦颐处之泰然。后来(敦颐)当了虔州通判,赵抃是虔州的知州,仔细观察了他的所作所为,才恍然大悟,握着他的手说:“我差点失去你这样的人才,从今以后算是了解你了。”
熙宁初,担任郴州的知州。由于赵抃和吕公著的推荐,做了广东转运判官,提点刑狱,他以昭雪蒙冤、泽及万民为己任。巡视所管辖的地区不怕劳苦,即使是有瘴气和险峻遥远之地,也不慌不忙地视察。因为有病请求改任南康军的的知军,于是把家安置在庐山的莲花峰下,屋前有条溪水,下游与湓江合渡,于是就借营道县老家所在的濂溪这个名称来称呼这条溪。赵抃第二次担任成都知府时,打算奏请皇帝重用他,还没有来得及敦颐就死了,享年五十七岁。
黄庭坚称赞他“人品很高,胸怀洒脱,像雨后日出时的风,万里晴空中的月,不贪图获取名声而锐意实现理想,淡于追求福禄而重视得到民心,自奉微薄而让孤寡获得安乐,不善于迎合世俗而重视与古人为友”。