在光合作用中参与吸收、传递光能或引起原初光化学反应的色素。光合色素主要有三大类:叶绿素(包括细菌叶绿素)、类胡萝卜素和藻胆素。类胡萝卜素(包括胡萝卜素和叶黄素)和藻胆素等是对叶绿素捕获光能的补充,称为辅助色素。这些光合色素的一个共同的特点就是存在较长的共轭体系(有些是环形封闭的,有些是线性的),因此可以参与能量传递。
依功能不同,光合色素可分成天线色素和反应中心色素两类。天线色素捕获光能,并将光能传给反应中心。极大部分光合色素都起这一作用。反应中心色素的作用是以光能来引起电荷分离及光化学反应。它的主要成分是特殊的叶绿素a,其存在状态和光谱性质不同于一般的叶绿素a。光合色素所以能表现其特殊功能,是由于它在光合器中以特定的形式和蛋白质、脂质等结合。结合态的光合色素的性质如吸收光谱、氧化还原电位等,和非结合态的有明显差别。