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蓝藻是原核细胞，是一类进化历史悠久、革兰氏染色阴性、无鞭毛、含叶绿素a，但不含叶绿体（区别于真核生物的藻类）、能进行产氧性光合作用的大型单细胞原核生物。
蓝藻是原核生物
要理解为什么蓝藻是原核生物，我们首先需要了解真核生物和原核生物的基本区别。真核生物具有复杂的细胞结构，包括细胞核、内质网、高尔基体等细胞器，而原核生物的细胞结构则相对简单，没有细胞核，DNA呈环状裸露，通常也没有其他复杂的细胞器。
蓝藻
蓝藻能进行光合作用并且放氧。地球最初是无氧环境，是蓝细菌使整个地球大气从无氧状态发展到有氧状态，从而孕育了所有好氧生物的进化和发展。
蓝藻广泛分布于自然界，包括各种水体、土壤中和部分生物体内外，甚至在岩石表面和其他恶劣环境（高温、低温、盐湖、荒漠和冰原等）中都可找到它们的踪迹，有“先锋生物”之美称。它们在岩石风化、土壤形成以及水体生态平衡中起着重要的作用。
另外，蓝藻具有一定经济价值，包括许多食用种类，如普通木耳念珠蓝细菌、盘状螺旋蓝细菌、最大螺旋蓝细菌等，后两种已开发成有一定经济价值的“螺旋藻”产品。
蓝藻治理最有效的方法
1、彻底清塘消毒并加注不带蓝藻的新鲜水
由于蓝藻比其它藻类具有更强的竞争力，因此控制措施以预防为主，防重于治。彻底清塘消毒可有效减少蓝藻种子，压低基数，减少大规模发生的可能。避免随加水带入蓝藻，对控制蓝藻爆发也有积极意义。
2、定期换新鲜水
经常大量地换新鲜水可稀释蓝藻的浓度，同时也稀释了蓝藻分泌的毒物浓度，可促进其它藻类的生长和保持整个生态系统的动态平衡。
3、杀灭蓝藻
当蓝藻大量发生时，可选用安全性高的杀藻剂局部杀藻。在晴天中午，由于蓝藻的强趋光性均集中在水体表面，此时停开增氧机两个小时泼洒针对性药物如漂白粉或安全性高的专杀蓝藻产品，其迅速与蓝藻接触而杀灭之，同时又保护了中下层的绿藻和硅藻；傍晚增氧产品增加水体的通透性，补充池塘中下层溶氧，可避免溶氧降低的危害。两天后重新培养藻类。
4、放养一定数量的滤食性鱼类
虽然蓝藻不易被对虾消化，但由于其颗粒较大，更容易被滤食性鱼类摄食到体内，在一定程度上延缓了蓝藻的生长。可供选择的鱼类有白鲢、花鲢和银鲫等。实践表明，尾重200g以上的白鲢对蓝藻爆发有明显的抑制作用。
5、降低pH值
先破坏蓝藻适宜的生态，为有益藻重新成为优势种创造条件，否则即使蓝藻被药物杀灭一部分，由于蓝藻强大的繁殖能力又会很快成为优势种。所以，可适当降低水体pH值，使用赛有鱼乳酸菌，配合有机酸产品能够缓解pH过高，接下来适当培藻，同时定期使用生态修复师底改产品，保持底部清爽，抑制蓝藻的繁殖。
6、合理使用微生物制剂
芽孢杆菌本身可与蓝藻竞争，同时其分泌的多肽类物资具有抗菌作用，能较好的抑制蓝藻。