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政治上，纠正“纲纪不肃，法度不行”的不良风气，改革弊政，整顿吏治，加强中央集权。经济上，调整政策，发展生产，促进国家富强。军事上，整饬武备，训练士卒，安抚边区少数民族。
政治举措
张居正强调治理天下须“悬法于众”，以法理政，坚持“刑赏予夺，秉持公道”，以振扬风纪，使天下信服。厉行整顿“严其约束”的结果，使得“九围之人，兢兢辑志;慢肆之吏，凛凛奉法”。提高行政效率、朝令夕行，也是整顿吏治的重要内容。
军事举措
整饬边疆“外示羁縻、内修守备”是张居正推行边防新政的指导方针。为了提高军队的战斗力，必须赋予军事将领“专断”的权力。于是张居正奏请明穆宗赋予边将更多主动权，大大提高了战守能力。在张居正执政以及其后的二三十年间，北边没有发生过大的战争。
经济举措
推行一条鞭法，整顿赋役制度、扭转财政危机，是张居正改革的重点。明中叶，由于土地兼并、隐漏，人口逃亡流失，户田二籍混乱失真，针对这种弊端，张居正对“天下田亩通行丈量”，改变了赋役不均状况，使得“粮不增加而轻重适均，将来国赋既易采纳，而小民如获更生”。
兴修水利
在万历初年，黄河年年泛滥，淮扬间湖堤溃毁，运道难通。由于黄河的长期泛滥，水势分流，黄河故道泥沙沉积，尤其是入海口，水流不畅。因此，黄河入海问题，成为最关切的问题。张居正采纳了潘季训的意见，用一年半时间，修筑黄河到淮河的堤坝，有效地抑制了黄河泛滥，使漕运畅通，同时还使多年的弃地复变为良田。潘季训的治河办法，对其后数百年都具有深刻影响。