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达尔文认为，生物之间存在着生存争斗，适应者生存下来，不适者则被淘汰，这就是自然的选择。生物正是通过遗传、变异和自然选择，从低级到高级，从简单到复杂，种类由少到多地进化着、发展着。
主要观点
第一，物种是可变的，生物是进化的。当时绝大部分读了《物种起源》的生物学家都很快地接受了这个事实，进化论从此取代神创论，成为生物学研究的基石。即使是在当时，有关生物是否进化的辩论，也主要是在生物学家和基督教传道士之间，而不是在生物学界内部进行的。
第二，自然选择是生物进化的动力。生物都有繁殖过盛的倾向，而生存空间和食物是有限的，生物必须“为生存而斗争”。在同一种群中的个体存在着变异，那些具有能适应环境的有利变异的个体将存活下来，并繁殖后代，不具有有利变异的个体就被淘汰。如果自然条件的变化是有方向的，则在历史过程中，经过长期的自然选择，微小的变异就得到积累而成为显著的变异。由此可能导致亚种和新种的形成。
进化论主张
宇宙中最原始的存在，并不是具有精神的事物、灵或神，而是具有生能的物质。这生能以进化方式，演进成生元，即细胞；这细胞便是万物中一切生命的开始。
在西方思想史上，力持进化论观点的是英国生物学家达尔文（1809—1882）。经过多年的探索，达尔文逐渐形成了一个系统的进化思想：生物界本来就存在着个体差异，在生存竞争的压力下，适者生存，不适者被淘汰；物种所保留的有利性状在世代传递过程中逐渐变异，经过性状分异和中间类型消失便形成新种。
达尔文主张，生物界物种的进化及变异，系以天择的进化为其基本假设：此外，并以性别选择和生禀特质的遗传思想来作辅助。1859年，达尔文的《物种起源》的出版，震动了整个学术界和宗教界，强烈地冲击了《圣经》的创世论。达尔文的《物种起源》提出生物进化论学说，对宗教“神造论”和林奈与居维叶的“物种不变论”发起一场革命，震动当世。由于进化论违反《圣经》里的创世论，所以自问世以来，一直是宗教争论的焦点。