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主要区别是适用条件不同：机械能守恒的条件是“在只有重力或弹力做功的物体系统内，动能和势能可以互相转化，而总的机械能保持不变”，只有满足这条件的物理过程才能用机械能守恒定律列方程。动能定理适用于一切过程。
定义不同
动能定理：物体因运动而具有的能量。
机械能守恒定律：在只有重力或弹力做功的物体系统内(或者不受其他外力的作用下），物体系统的动能和势能（包括重力势能和弹性势能）发生相互转化，但机械能的总能量保持不变。这个规律叫做机械能守恒定律。
表达式不同
适用范围不同
动能定理：适用于恒力做功、变力做功、分段做功、全程做功等。
机械能守恒定律：只有在重力或弹簧弹力做功的情况下适用。