结构上,核孔复合体主要由蛋白质构成;功能上,核孔复合体可以看做是一种特殊的跨膜运输蛋白复合体,并且是一个双功能、双向性的亲水性核质交换通道。
不同生物的核膜孔具有相同结构,并以核孔复合体的形式存在。它的内外口径约为70~80毫微米,通道的直径约为9毫微米。核膜孔内外口的周边均有对称排列的8个球状颗粒,其直径约15毫微米;中央尚有一个中心颗粒,直径约30毫微米。中心颗粒与球状颗粒之间有细丝相连。
这些细丝具有核糖核蛋白的性质。核膜孔通道中还有一些无定形物质。核膜孔的数目、分布和密度与细胞代谢活性有关,核质与细胞质之间物质交换旺盛的部位核膜孔数目多。可见,核膜孔在调节核与细胞质的物质交换中有一定的作用。