明神宗在位之初十年,内阁首辅张居正主持政务,张居正实行了一系列改革措施,社会经济有很大的发展,开创了“万历中兴”的局面。万历二十年至二十八年(1592年—1600年)间主持了万历三大征,巩固了明朝疆土,但也耗费了大量帑银。明神宗执政后期,28年不上朝,而王朝依旧可以运行如常。万历二十四年(1596年)起遣宦官充当矿监税使,赴各地掠夺民财,多次激起市民反抗。晚年因立嗣酿成党争,后患非浅。而且此时东北的建州女真开始崛起,万历四十七年(1619年),神宗征调精锐部队赶赴辽东,企图一举消灭努尔哈赤,但在萨尔浒之战中被击溃,从此明军转为守势。
万历四十八年(1620年)七月二十一日,明神宗去世,享年五十八岁,庙号神宗,谥号范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝,葬十三陵之定陵。死后由长子朱常洛继位,明神宗死后仅二十四年,明朝灭亡。