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古代御医和太医的区别就是：御医是专门为皇帝及其宫廷亲属治病的宫廷医生。太医是专门为帝王、宫廷、官宦上层服务的医生。太医和御医虽然都是医生，但是各司其职。
太医多为当代学识渊博、医术精湛的名医组成，宋代时，专门成立了官办医学教育机构，大量培养医学工作者，表现优异者可升为太医。
太医和御医都是封建王朝对高级医师的一种称谓，全都是服务于皇帝和其嫔妃、娘娘及其家属的医师，如果仔细究其各自职责，太医和御医之间又会有着很明显的差别。
太医在官僚体系中是属于一个职官系统，可以追溯到战国时期，那个时期，太医是为皇室和其附属的机构人员提供医疗服务，服从皇室医保健机构的管理。
据史书记载，战国时期就出现了有关“太医令”的记载，可以得出，如果有太医令这种官职，那么就会有相应的太医的存在，那么由此可以看出，在战国时期，皇室就已经开始有了专门的医生，与民间的医生有了区分，为皇室服务的医师医术也更精湛。
到了唐宋，就有了太医署和太医局，太医制度得到进一步完善，到了元代，太医院已经成为了单独的独立机构，负责皇室成员的医疗，太医也是一个官职，由太医官僚系统的工作人员组成的群体，他们分工明确，有分管药材的，有分管行政的，有分管外诊的，这些医师都被成为太医。
不过，太医虽医术精湛，但如果皇室成员得的是疑难杂症，太医医治无果的情况下，皇帝就会从民间寻找其他医术高明的医师进攻看病，能成为皇室太医的医生数量还是很少的，据《清史稿.职官志》中有关太医院的记载，太医院的医生分为四个等级，第一等级叫“御医”，只设十三人，在清代官阶为七品，和县令是一个级别，第二等级称“史目”，设有二十六人，其中八品十三人，九品十三人，第三等级为“医士”，设有三十人，这一等级没有官阶，类似现代医师助理。
从而可以看出，清代太医院的编制人员共设有九十二人，其中御医、史目、医士这三个等级的医师是可以独自外出看病的。
而御医是指专为皇族诊治病患的大夫，所以这一等级的医师属皇室私人医师，一般不给其他人诊治，也有一些例外，那些对国家有着巨大贡献的人，皇帝有时会派遣御医为其治病。
总的来说，御医是专门负责皇室成员的健康，医术最为精湛，是最高阶医师的称谓。太医，是对太医院所有医生的统称，也称民间医术高超的医生，所以，御医和太医并不是一回事。